Испания, 1944 год. В густых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Юная Офелия, десятилетняя мечтательница с богатым воображением, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их встречает отчим — капитан Видаль, безжалостный офицер франкистской армии, одержимый идеей уничтожить повстанцев. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно обнаруживает поблизости таинственный заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта девочку встречает волшебная фея, которая приводит её к Фавну — древнему хранителю подземного царства. Существо открывает Офелии невероятную тайну: она — потерянная принцесса магического королевства, чей отец веками искал её. Фавн предлагает ей шанс вернуться домой, но для этого необходимо выполнить три опасных испытания до полнолуния. Самое главное условие — абсолютная секретность, ведь никто не должен узнать о её истинной судьбе.